Im Bereich der südlichen Paderborner Hochfläche wird die Mächtigkeit der kreidezeitlichen Kalksteine zunehmend geringer, da hier der Rand des Kreidemeeres über den älteren Gesteinen aus dem Karbon lag. Durch Erosion konnten sich die Täler durch den klüftigen Kalkstein bis in die darunter liegenden wasserstauenden Gesteinsschichten eintiefen. Zwischen beiden geologischen Schichten liegt eine rund 10 Meter mächtige Sandsteinschicht, der so genannte Grünsandstein, der die Strandgebiete des Kreidemeeres markiert. Entlang dieser Schichtgrenze entspringen zahllose Quellen im südlichen Kreis Paderborn, darunter auch viele Kalktuffquellen, deren Wasser gelöste Carbonate aus dem Kalkgestein mitführt.
Neben dem hydrogeologischen Wechsel durch die speziellen Bedingungen entlang des Aftetals wird auch ein Wechsel der standörtlichen Bedingungen für die Vegetation bewirkt. Karbonatreiche Böden gehen hier auf engem Raum in silikatische Standorte über, weshalb man entlang des Aftetales sowohl Kalkmagerrasen wie auch Borstgrasrasen und Heiden finden kann.
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