Das FFH-Gebiet erstreckt sich über 473 ha vom Kalkquellbereich mit umliegenden Felsbiotopen bei der Ortschaft Alme talabwärts bis Siddinghausen. Es umfasst die vielfältige Almeaue, die als typisches Mittelgebirgswiesental landesweit einzigartig ist.
Auf Paderborner Seite sind in erster Linie die Fließgewässer-Lebensräume der Alme Schutzgegenstand des FFH-Gebietes. Auf längeren Strecken kommen Bestände des Flutenden Hahnenfußes, einer Leitart der Unterwasservegetation naturnaher Fließgewässer im Mittelgebirgsraum, vor. Daneben sind auch Tiere des Fließgewässers wie Groppe, Bachneunauge oder Eisvogel ausschlaggebend für die Meldung dieses Gebietes als Teil des europäischen Schutzgebietsystems NATURA 2000 gewesen.
Überregionale Bedeutung kommt dem Almetal als einzige nord-süd-gerichtete Biotopvernetzungsachse vom Sauerland zur nördlich anschließenden Paderborner Hochfläche und weiter in die Westfälische Bucht zu.
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