Bei dem „Boker Heide-See“ handelt es sich um eine ehemalige Abgrabung, deren Betrieb im Jahr 2005 eingestellt worden ist. Danach wurden noch Rekultivierungsmaßnahmen durchgeführt.
Im Jahr 2008 wurde die ehemalige Abgrabung im Rahmen der Neuausweisung des Naturschutzgebietes „Boker Heide“ in das Schutzgebiet einbezogen. Im Jahr 2009 hat der Kreis Paderborn den See für Naturschutzzwecke erworben.
Im Unterschied zu den zahlreichen anderen Abgrabungsgewässern in der oberen Lippeniederung wird der „Boker Heide-See“ nicht fischereilich genutzt. Hier soll sich ungestört eine natürliche Stillgewässer-Lebensgemeinschaft entwickeln. Erste Untersuchungen ergaben, dass sich im „Boker Heide-See“ bereits eine bemerkenswerte Unterwasser-Vegetation mit großflächigen Armleuchteralgen-Rasen ausgebildet hat.
Als Brutvogelarten wurden Haubentaucher, Blässralle, Flußregenpfeifer, Austernfischer, Nilgans, Graugans und Kanadagans am Boker Heide-See festgestellt. Darüber hinaus können zahlreiche Schnepfen- und Wasservogelarten als Durchzügler und Wintergäste am See beobachtet werden.
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