Die Lippe durchfließt das gesamte Naturschutzgebiet in einer Länge von ca. sieben Kilometern. Teilweise befindet sie sich in einem naturnahen Zustand, teilweise ist sie aber auch sehr naturfern, d.h. begradigt, befestigt und nicht durchgängig für die im Wasser lebenden Organismen.

Im Bereich der Tallewiesen wurden 2000/2001 und im Bereich des Tallhofes im November 2011 besonders naturferne Gewässerabschnitte zurückgebaut und naturnah in gewundenem Verlauf (Mäander) gestaltet.

Im Bereich der Tallewiesen verlief die Lippe vor dem Rückbau geradlinig am Rand des Naturschutzgebietes entlang; der Lauf von ehemals etwa sechs Kilometern war auf nur etwa zwei Kilometer Länge mit 13 zwischengeschalteten Stauwehren verkürzt. Die kanalartig ausgebaute Lippe mit starker Tiefenerosion und Strömung war in ihrer ökologischen Funktion stark eingeschränkt und sehr artenarm.

Im Zuge des Gewässerrückbaus wurde der Lippelauf mit vielen Mäanderschleifen um 600 m verlängert und die Stauwehre zur Überwindung der Höhenunterschiede in flache Sohlgleiten umgewandelt. Eine Sohlgleite ist eine unter dem Wasserspiegel quer zur Strömung liegende Schüttung aus natürlichem Gestein. Diese Befestigung begrenzt die Eintiefung des Gewässers in den Untergrund und verhindert den großflächigen Abtrag von Kies aus der Gewässersohle in unterhalb liegende Abschnitte der Lippe. Aufgrund der bestehenden angrenzenden Bebauung und des nur noch in geringem Maße vorhandenen Auenraumes war dieser Kompromiss erforderlich. Durch den Ersatz der Stauwehre in Sohlgleiten ist allerdings als wesentliche ökologische Verbesserung eine Durchgängigkeit des Gewässers für Organismen, wie Fische und Larven von Wasserinsekten, erreicht worden.

Im Rahmen der erfolgten Renaturierungen wurden zahlreiche Prall- und Gleithänge sowie Kiesinseln geschaffen, die z. B von dem Flussregenpfeifer als Brutplatz angenommen wurden. In den Bereichen, wo ausreichend Fläche zur Verfügung steht, kann die Lippe ihr Bett im Rahmen einer auentypischen Dynamik selbst formen. Insbesondere Hochwasserereignisse führen immer wieder zu Umlagerungen von Kiesbänken und –inseln sowie veränderten Uferlinien. Strukturen aus dem alten Verlauf der Lippe, dem sogenannten Altarm, und Grabenaufweitungen der ehemaligen Flößgräben ergänzen die naturnahe Auengestaltung.

In der Zeit nach der Umgestaltung hat sich die Lippe mit ihren neuen naturnahen Strukturen bis heute positiv weiterentwickelt.

Weiter flussaufwärts unmittelbar an den Truppenübungsplatz Senne angrenzend, verläuft die Lippe naturnah mäandrierend. An einigen Prallhängen und Uferabbrüchen hat der Eisvogel bis 90cm lange Bruthöhlen gegraben. Mit etwas Glück kann man den Eisvogel entlang der Lippe beobachten. Seine Nahrung, die hauptsächlich aus kleinen Fischen besteht, erbeutet er meist im Tauchsturz von Sitzwarten am Ufer aus. Leider werden die Eisvogelbruten durch Störungen an den Brutplätzen, z. B. durch freilaufende Hunde, immer wieder beeinträchtigt. Auch die Wasseramsel und die Gebirgsstelze brüten entlang der Lippe. Die Wasseramsel hat ihre kugeligen Nester gerne unter Überhängen oder unter Brücken. Ihre Nahrung besteht aus Insekten; dabei kann sie ihre Beute über kurze Strecken sogar tauchend fangen.