Die erste größere Abbautätigkeit im Kalksteinbruch Ilse fällt in die Zeit der Gründung des Zementwerkes „Atlas“ Ende der 1920er Jahre. Im Steinbruch steht der für die Paderborner Hochfläche typische hellgraue Mergelkalkstein aus dem Turon (Oberkreide) in großer Mächtigkeit an. In Abhängigkeit von der Konjunktur wechselten Erweiterungsphasen und Phasen mit nur geringer, unregelmäßiger Abbautätigkeit einander ab.
Aktuell findet auf der Grundlage einer Genehmigung aus dem Jahr 1996 ein moderater Abbaufortschritt in Richtung Süden sowie die Vertiefung in einer 2. Sohle zur Gewinnung von Kalkstein zur Zementherstellung sowie von Schottermaterial für die Bauindustrie statt. Weite Teile des Steinbruchs unterliegen keiner Nutzung und sind durch die Einzäunung des Geländes vor Störungen geschützt.
Im Rekultivierungsplan zur Genehmigung wurde verbindlich festgeschrieben, im Steinbruch ein „Sekundärbiotop“ von hoher ökologischer Wertigkeit zu schaffen. Auf den seitdem aufgelassenen Felswänden, der Steinbruchsohle und verbliebenen Schotterhalden konnten sich so auf diesen Extremstandorten natürliche Lebensräume wie Steinschutt-, Felsgrusfluren, Halbtrockenrasen, wärmeliebende Säume und Gebüsche sowie zeitweilig wasserführende bzw. austrocknende Kleingewässer weitgehend ungestört aus „zweiter Hand“ entwickeln.
Anpflanzungen mit standortheimischen Gehölzen erfolgten überwiegend zur Abschirmung in den Randbereichen. Die genannten Lebensräume zeichnen sich durch das Vorkommen zahlreicher seltener und pflanzengeografisch bedeutsamer Pflanzenarten aus.
Im nördlichen Teil des Steinbruchs Ilse befindet sich auf einer Fläche von 66.000 m² die Boden- und Bauschuttdeponie „Ilse“. Auf die Böschungsbereiche, die in einer Böschungsneigung von 1:1,7 ausgebildet wurden, entfallen davon 16.500 m².
Die Deponie wurde 1993 genehmigt und bis zur Schlussabnahme im Jahr 2007 betrieben. Im Norden und Osten wurden mehrreihige, standortheimische Hecken gepflanzt, auf dem eigentlichen Deponiekörper, der mit Kalkschotter (Felsblöcke in Stärken bis zu 1 m) abgedeckt wurde, sollen sich Lebensgemeinschaften der Felsgrusfluren, Kalkmagerrasen und wärmeliebenden Säume und Gebüsche entwickeln können. Eine Ausbreitung benachbarter Vorkommen verschiedener Habichtskräuter findet bereits statt. Zum Schutz des Offenlandcharakters soll die Gehölzbedeckung 10% der Fläche nicht überschreiten. Einzelne Wildrosen- und Brombeersträucher bleiben in diesem Umfang erhalten.
Im westlichen Anschluss an das Steinbruchgelände liegen Kompensationsflächen für die Deponie, die nach Abtrag des Oberbodens bis auf den anstehenden Fels ebenfalls für die Entwicklung der oben genannten Lebensgemeinschaften zur Verfügung stehen.
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