Fledermäuse sind sehr mobil und wechseln häufig ihre Quartiere. Sie tun dies im Verlauf eines Sommers als auch unter bestimmten Voraussetzungen im Winter. Um festzustellen, welche Fledermausarten in welcher Anzahl den Stollen am großen Viadukt zur Überwinterung nutzen, wurden folgende Methoden angewendet:
Im Spätsommer eines Jahres sind Fledermäuse häufig vor potentiellen Winterquartieren anzutreffen. Sie fliegen dort umher, sie schwärmen. Der Zweck dieses Verhaltens ist nicht eindeutig geklärt. Es gibt hierzu zwei Annahmen: Einerseits scheinen sich während der Schwärmphase Weibchen aus den Wochenstuben, deren Mitglieder alle eng miteinander verwandt sind, mit Männchen anderer genetischer Herkunft zur Reproduktion zu treffen. Die Paarungszeit der Fledermäuse beginnt im Herbst und dauert den ganzen Winter bis in das Frühjahr hinein an.
Andererseits trifft sich in der Schwärmphase auch „Alt“ und „Jung“. Eine Weitergabe von Informationen von Müttern auf ihre Junge und von erfahrenen auf unerfahrene Fledermäuse ist bei langlebigen Tieren, wie den Fledermäusen, sehr wahrscheinlich. Es ist für die Tiere überlebenswichtig zu wissen, wo geeignete Überwinterungsplätze sind, wie sie dorthin gelangen und wo Artgenossen zur Paarung zu finden sind.
Während dieser Zeit können die Fledermäuse mit feinen Netzen (bis 5 m hoch, bis 10 m lang) gefangen werden. Hierbei kann die Art bestimmt werden sowie das Alter und Geschlecht des Tieres.
In dem jeweiligen Quartier können die Ultraschalllaute der Tiere mit Messgeräten erfasst und auf Datenspeichern abgelegt werden. Hierdurch ist es möglich, einen Überblick über den zeitlichen Verlauf der Rufaktivitäten und damit der Nutzung des Stollens zu erhalten. Die Unterscheidung der Arten ist nach den aufgezeichneten Rufen nicht immer möglich, eine Bestimmung der Gattung zumeist schon.
Im Stollen am alten Viadukt kommt erschwerend hinzu, dass Tropfwasser von der Decke Töne im Ultraschallbereich erzeugt und die Aufnahme stört.
Die Kontrolle von Winterquartieren zählt zu den ältesten Methoden zur Erfassung von Fledermauspopulationen. Hierbei werden in den Monaten Dezember bis März die natürlichen Spalten und Fugen im Gestein oder Mauerwerk mit Taschenlampen nach überwinternden Tieren abgesucht. Untersuchungen haben aber gezeigt, dass mit dieser Methode oft nur ein kleiner Teil der tatsächlich überwinternden Tiere gefunden werden. Der sichtbare Bestand schwankt zudem in Abhängigkeit vom Zeitpunkt der Kontrolle und dem Verlauf der Witterung. Einige Arten sind im Winterquartier mit dieser Methode auch praktisch nicht nachweisbar (z. B. Breitflügelfledermaus, Graues Langohr, Zwergfeldermaus, Kleiner Abendsegler).
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