24 Fledermausarten kommen in Deutschland vor, gelten als etabliert. In der Roten Liste der gefährdeten Pflanzen, Pilze und Tiere in Nordrhein-Westfalen (2011) werden für Nordrhein-Westfalen 21 Fledermausarten genannt. Die meisten der genannten Arten sind vom Aussterben bedroht oder stark gefährdet. Eine Fledermausart gilt in NRW bereits als ausgestorben. Lediglich zwei Fledermausarten in NRW werden als ungefährdet eingestuft.
Ursachen für den Rückgang der Fledermauspopulationen sind der Verlust von Sommer- und Winterquartieren durch Gebäudesanierung und insbesondere die Verringerung des Nahrungsangebotes infolge einer intensiver Landnutzung und des Einsatzes von Pflanzenschutzmitteln.
Fledermäuse sind besonders im Umkreis von Wochenstuben auf das Vorhandensein geeigneter Jagdgebiete angewiesen. Dort müssen sie Insekten in ausreichender Menge und Qualität erbeuten können. Durch den Rückgang von wenig oder nicht genutzten Flächen und der fortschreitenden Intensivierung der Landnutzung reduziert sich das Nahrungsangebot für Insekten und in der Folge das Nahrungsangebot für die Fledermäuse.
Fatal können sich auch Störungen im Winterquartier auswirken. Aufgeschreckte Tiere können so viel Energie verbrauchen, dass sie den wegen des Nahrungsmangels im Winter erforderlichen Winterschlaf nicht überleben.
Auch im Straßenverkehr und seit neuerem wohl auch an Windkraftanlagen sterben viele Fledermäuse.
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